Le 13 mai 1981, sur la Place Saint-Pierre au Vatican, exactement 64 ans après la première apparition de la Vierge Marie aux trois enfants de Fatima, au Portugal, le tireur turc Mehmet Ali Agca tira sur le Saint-Père (voir le cercle dans la photo ci-dessus). Le Pape fut atteint de quatre balles, dont deux se logèrent dans son intestin, les autres atteignant sa main gauche et son bras droit. Une des balles avait manqué l’aorte centrale de quelques millimètres seulement.
Jean-Paul II fut convaincu dès le début que c’était Notre-Dame de Fatima qui lui avait sauvé la vie. Plus tard en 1981, il fit installer une mosaïque de Marie, Mère de l’Église (Mater Ecclesiæ) sur la Place Saint-Pierre. Il se rendit par la suite trois fois au sanctuaire de Fatima au Portugal (1982, 1991 et 2000) pour remercier la Vierge Marie. Le 25 mars 1984, pour accomplir la demande de Notre-Dame de Fatima, Jean-Paul II consacra le monde entier — y compris la Russie — au Cœur Immaculé de Marie, et le communisme s’est écroulé quelques années plus tard.
Le 27 décembre 1983, lorsque Jean-Paul II visita Mehmet Ali Agca en prison, celui-ci lui demanda: «Pourquoi êtes-vous encore en vie? Je sais que j’ai visé juste, et que la balle était puissante et mortelle.» Le Saint-Père lui répondit: «Une main a tiré la balle, et une autre (celle de la Vierge Marie) l’a guidée.»
Comme signe de sa reconnaissance, Jean-Paul II a fait don au sanctuaire de Fatima de la balle qui l’avait atteint à l’abdomen; cette balle fait maintenant partie de la couronne de la statue de la Vierge de Fatima. Lors de la visite de Jean-Paul II en l’an 2000 au sanctuaire de Fatima, la troisième partie du secret révélé par la Sainte Vierge Marie aux trois enfants en 1917 fut dévoilée: c’était une description de l’attentat contre le Pape Jean-Paul II: «l’évêque vêtu de blanc» qui prie pour tous les fidèles, est le Pape. Comme il s’avance avec peine devant la Croix parmi les cadavres des martyrs (évêques, prêtres, religieux et laïcs), il s’écroule sous les balles, apparemment laissé pour mort. (Mais il a survécu miraculeusement, grâce à l’intercession de Marie.)
