A plusieurs occasions, le Pape François a vivement critiqué la théorie du genre (ou «gender»), qui vise à effacer toute différence, biologique comme sociale, entre les hommes et les femmes, qu’on peut choisir soi-même son genre (homme ou femme), peu importe qu’on soit né biologiquement un ou l’autre.
Par exemple, le 2 octobre 2016, lors d’une conférence de presse sur l’avion qui le ramenait à Rome, de retour de son voyage en Azerbaïdjan, le pape François a précisé devant les journalistes qui l'accompagnaient ce qu'il avait voulu dire la veille en parlant de «guerre mondiale contre le mariage» à propos de la diffusion de la «théorie du genre».
«Ce que j'ai critiqué (samedi) est la mal qu'il y a dans le fait d'ériger la théorie du genre en doctrine. Un papa français m'a raconté qu'un soir, en famille, il a demandé à son fils de 10 ans: “Que veux-tu faire quand tu seras grand?” “Être une fille!” lui répond l'enfant. Le papa s'était alors rendu compte que dans les livres du collège, on enseignait la théorie du genre. Ceci est contre les choses naturelles! Pour une personne, une chose est d'avoir cette tendance, cette option, et même de changer de sexe, autre chose est de faire l'enseignement dans les écoles sur cette ligne, pour changer la mentalité. C'est cela que j'appelle la colonisation idéologique.»
Le 27 juillet 2016, lors d’une réunion privée avec les évêques de la Pologne à l’occasion des Journées mondiales de la Jeunesse à Cracovie, le Pape François déclara:
«Nous vivons un moment d’anéantissement de l’homme comme image de Dieu… En Europe, en Amérique, en Amérique latine, en Afrique, dans certains pays d’Asie, il y a de véritables colonisations idéologiques. Et une de celles-ci — je le dis clairement avec “le nom et le prénom” — est le “genre”! Aujourd’hui, à l’école, on enseigne ceci aux enfants — aux enfants! — que chacun peut choisir son sexe. Et pourquoi enseigne-t-on ceci? Parce que les livres sont ceux des personnes et des institutions qui te donnent l’argent. Ce sont des colonisations idéologiques soutenues aussi par des pays très influents. Et c’est terrible!
«En parlant avec le pape Benoît, qui va bien et qui a une pensée claire, il me disait: “Sainteté, notre époque est celle du péché contre le Dieu créateur!” Il est très perspicace! Dieu a créé l’homme et la femme; Dieu a créé le monde comme ceci, comme ceci, comme cela… et nous faisons le contraire. Dieu nous a donné un état “inculte” pour que nous le fassions devenir culture; et ensuite avec cette culture, nous faisons des choses qui nous ramènent à l’état “inculte”! Ce que le pape Benoît a dit, nous devons y penser: “C’est l’époque du péché contre le Dieu Créateur!”. Et cela nous aidera.»
Le Saint-Père a aussi spécifiquement condamné la création de lois imposant cette théorie du genre dans son exhortation apostolique Amoris Laetita (La joie de l’amour), au pragraphe 56:
«Un autre défi apparaît sous diverses formes d’une idéologie, généralement appelée “gender”, qui nie la différence et la réciprocité naturelle entre un homme et une femme. Elle laisse envisager une société sans différence de sexe et sape la base anthropologique de la famille. Cette idéologie induit des projets éducatifs et des orientations législatives qui encouragent une identité personnelle et une intimité affective radicalement coupées de la diversité biologique entre masculin et féminin. L’identité humaine est laissée à une option individualiste, qui peut même évoluer dans le temps.
«Il est inquiétant que certaines idéologies de ce type, qui prétendent répondre à des aspirations parfois compréhensibles, veulent s’imposer comme une pensée unique qui détermine même l’éducation des enfants. Il ne faut pas ignorer que le sexe biologique (sex) et le rôle socioculturel du sexe (gender), peuvent être distingués, mais non séparés...
«Une chose est de comprendre la fragilité humaine ou la complexité de la vie, autre chose est d’accepter des idéologies qui prétendent diviser les deux aspects inséparables de la réalité. Ne tombons pas dans le péché de prétendre nous substituer au Créateur. Nous sommes des créatures, nous ne sommes pas tout-puissants. La création nous précède et doit être reçue comme un don. En même temps, nous sommes appelés à sauvegarder notre humanité, et cela signifie avant tout l’accepter et la respecter comme elle a été créée.»